Протокол даёт механизмы, но безопасность проектируете вы. Авторизация на основе OAuth 2.1 для HTTP-подключений в спецификации опциональна. Там же требование: описания инструментов считать недоверенными, а вызов инструмента согласовывать с пользователем. Главные известные риски — prompt injection и «отравленные» описания инструментов, через которые утекают данные. Правило то же, что у агентов: доступ по минимуму, только проверенные серверы, необратимые действия — с подтверждением человека.